Все для ничто.
Смотрю NoSQL базы данных на основе графов. Почти все написаны на java
Похоже придется делать свой велосипед. Или я зря так не люблю джаву?

велосипед на пхп с диск-староджем. Причем если тут еще можно использовать RDM Embedded Database вместо прямого доступа файлов, логики полной там вроде как не хватает для организации графов.
Или же забить на все, арендовать еще один сервачок и поставить туда постгрес и обвешивать логикой на пхп его.